Realizovaním krokov popísaných v predchádzajúcej kapitole, aplikačný server Tomcat spustí pri svojom štarte aj SmartWeb Java EE aplikáciu. Pri prvom spustení si SmartWeb automaticky pre seba vytvorí štandardný konfiguračný súbor smartweb.json, v prípade ak táto konfigurácia neexistuje.  Vytvorený konfiguračný súbor sa nachádza v adresári aplikačného servera Tomcat /conf/applications/<nazov .war súboru aplikácie>/smartweb.json. Tento konfiguračný súbor je možné meniť kedykoľvek, aj počas behu aplikácie. Zmeny sa ale prejavia až pri reštarte (redeploymente) SmartWeb aplikácie.

Konfiguračný súbor smartweb.json má nasledovnú štruktúru:

{
	"connections": [ 
		/* pole konfigurácií pripojení na D2000 */ 
	],
	"listenableConnection": { 
		/* alternatíva k "connections" - konfigurácia reverzného pripojenia na D2000 kvôli požiadavkám zabezpečenia (spojenie nadväzuje D2Connector.exe smerom z D2000 -> SmartWeb) */
	},
	"edaConnection": {
		/* konfigurácia pripojenia na EDA Server, kvôli sprístupneniu práce s EDA vektormi */
	},
	"authentication": { 
		/* objekt s konfiguráciou autentifikácie používateľov */
	},
	"application": {/* objekt s konfiguráciou aplikačnej časti SmartWebu */

		 /* počet minút po ktorých je používateľ automaticky odhlásený v prípade, že z pohľadu servera nevykonal žiadnu aktivitu (napr. volanie API na načítanie dát), default hodnota je 30 minút*/
        "userSessionMaxInactivePeriod": 30,

		/* nastavenie pre užívateľov prihlásených cez prehliadač, definuje počet minút po ktorých je používateľ automaticky odhlásený v prípade že zavrel všetky záložky s aplikáciou v prehliadači, default hodnota je 5 minút*/
	 	"httpSessionMaxInactivePeriod": 5,  
   
 		/* nastavenie pre užívateľov prihlásených cez prehliadač, definuje počet minút ktorých je používateľ prihlásený po zaškrtnutí Remember Me funkcionality, default hodnota je 0 - t.j. funkcionalita je vypnutá */
	 	"rememberMeTokenTimeout": 0,  

		"cometApi": {
			/* objekt s konfiguráciou univerzálneho Comet API */
		},
		"restApi": {
			/* objekt s konfiguráciou univerzálneho REST API */
		},
		"odataApi": {
			/* objekt s konfiguráciou ODATA API */
		},   		
		"tcl" : {
		  	/* objekt s konfiguráciou integrácie SmartWeb aplikácie s tenkým klientom */
		},
		"webResourceDirectories": {
			/* objekt s konfiguráciou adresárov so zdrojmi webovej aplikácie */
		},
	}	
}

Detaily jednotlivých položiek konfigurácie sú vysvetlené v nasledujúcich kapitolách.