Realizovaním krokov popísaných v predchádzajúcej kapitole, aplikačný server Wildfly spustí pri svojom štarte aj Smart Web Java EE aplikáciu. Pri prvom spustení Smart Web automaticky nakonfiguruje Wildfly podľa svojich požiadaviek. O túto konfiguráciu sa nemusí správca aplikácie vôbec starať, dokonca ani po realizovaní upgradu - t.j. v rámci konfigurácie aplikačného servera si všetko nevyhnutné na svoj beh aplikácia manažuje sama. Bočným efektom tejto operácie je že server môže urobiť reset (redeploy) aplikácie viac krát kvôli zmenám konfigurácie realizovaným počas štartu. Wildfly uloží tieto zmeny aj do súboru so svojou konfiguráciou standalone.xml aby sa zachovali aj po reštarte servera.

Popri nevyhnutných zmenách konfigurácie Wildfly servera, Smart Web pri štarte vytvorí aj svoju preddefinovanú konfiguráciu do súboru smartWeb.json, v prípade ak táto konfigurácia neexistuje. Vytvorený konfiguračný súbor sa nachádza v adresári aplikačného servera Wildfly /standalone/configuration/applications/<nazov .war súboru aplikácie>/smartweb.json. Tento konfiguračný súbor je možné meniť kedykoľvek, aj počas behu aplikácie. Zmeny sa ale prejavia až pri reštarte (redeploymente) Smart Web aplikácie.

Konfiguračný súbor smartweb.json má nasledovnú štruktúru:

{
	"connections": [ 
		/* pole objektov s konfiguráciami konekcií na D2000 */ 
	],
	"listenableConnection": { 
		/* objekt s konfiguráciou reverznej konekcie kvôli DMZ (smerom z D2000 -> Smart Web) */
	}
	"authentication": { 
		/* objekt s konfiguráciou autentifikácie používateľov */
	}
	"application": {
		/* objekt s konfiguráciou samotnej aplikácie */
		"cometApi": {
			/* objekt s konfiguráciou univerzálneho Comet API */
		},
		"restApi": {
			/* objekt s konfiguráciou univerzálneho REST API */
		},
		"development": {
			/* objekt s konfiguráciou povolenia vývoja web aplikácii na tejto inštancii */
		},
		"tcl" : {
		  	/* objekt s konfiguráciou integrácie Smart Web aplikácie s tenkým klientom (až od verzie D2000 V12)*/
		},
		"webResourceDirectories": {
			/* objekt s konfiguráciou adresárov so zdrojmi webovej aplikácie */
		},
	}	
}

Detaily jednotlivých položiek konfigurácie sú vysvetlené v nasledujúcich kapitolách.