V niektorých prípadoch (aplikačná kompatibilita, bezpečnostná záplata, ...) je potrebné použiť inú verziu JRE (Java Runtime Environment) ako je dodávaná s D2000.
JRE pre 32bitové procesy D2000 sa nachádza v adresári D2000_EXE\java\jre, pre 64bitové procesy v D2000_EXE\java64\jre.
Nasledujúci postup popisuje kroky, ktoré je potrebné vykonať na zmenu JRE v D2000:
Poznámka: Pre správnu funkciu systém D2000 potrebuje súbor 'D2000_EXE\java\jre\release' resp. 'D2000_EXE\java64\jre\release'. Tento súbor je štandardne súčasťou JRE. V prípade, že budete JRE kopírovať z balíka 'JDK' alebo 'Server JRE', tak tu sa JRE v balíku nachádza až v podadresári '/jre', takže je potrebné do D2000 prekopírovať iba obsah tohto podadresára /jre a súbor 'release' prekopírovať z koreňového adresára balíka.
Systém D2000 štandardne podporuje a je testovaný s JRE 7 a JRE 8.